Si le onUpgrade ne fonctionne pas (je n'ai pas de code sous les yeux pour vérifier son fonctionnement) tu peux toujours mettre un flag à 0 dans les préférences.
Au démarrage de l'appli tu vérifies se flag :
- S'il est à 0 tu le passes à 1 et vérifie la structure de ta base de données (ou au pire tu fais une requête dans un try/catch, si elle passe alors c'est bon, sinon t'es sur l'ancienne version de ta base). Ensuite tu supprimes toi même cette base pour refaire une structure propre.
- S'il est à 1 alors c'est que t'as déjà vérifié ta base.

Tu vois là l'intérêt de passer un peu temps à construire une base de données qui, sans être définitive, doit être modulable facilement.
Jette un oeil du côté de la méthode Merise si tu ne la connais pas déjà.