Comme le montre les logs, tu as une NullPointerException en ligne 31 de ton activity, c'est là qu'il aurait fallu chercher...
Mais, au vu du code, il y a quelques petits points qui font, à mon avis, que ça ne marche pas:
- le parsing d'une chaîne au format JSON se fait à l'aide de la classe JSONTokener, pas directement avec JSONObject
- ton script PHP te retourne un tableau d'objets, pas un objet, et donc ta méthode de parsing devrait retourner un JSONArray, pas un JSONObject
Voila les corrections que tu pourrais apporter:
- dans la classe JSONFunctions, remplacer la ligne

jArray = new JSONObject(result);

par

jArray = (JSONArray)new JSONTokener(result).nextValue();

et changer le type de retour de la fonction getJSONFromUrl en JSONArray
- dans la classe de ton Activity, supprimer la ligne

JSONObject json = JSONfunctions.getJSONfromURL("http://192.168.1.79/ville/ville.php"); 

et remplacer la ligne

JSONArray  pharmacie = json.getJSONArray("pharmacie"); 

par

JSONArray pharmacie = JSONfunctions.getJSONfromURL("http://192.168.1.79/ville/ville.php");

Cela devrait ensuite mieux fonctionner